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舞台はラクーン事件から6年後の世界。

大統領直属のエージェントとなった「レオン」（バイオ2の主人公）は、消息を絶った大統領の娘「アシュリー」捜索の命を受ける。

アシュリーを救出すべく、スペインの片田舎に潜入する。

神室町で生まれた主人公の「春日一番」は少年の頃に東城会系の荒川組組長の「荒川真澄」に救われたことをきっかけに、荒川真澄に憧れて荒川組に入門する。

だが、ある日、荒川から若頭「沢城丈」が犯してしまった罪を被るよう頼まれ、尊敬する荒川のために刑務所に入ることになり、これをきっかけに春日の人生が一変する。

18年の刑期を終えて出所の日を迎えた春日だったが、春日を出迎えてくれる者は誰一人いなかった。

途方に暮れた春日は、刑務所に入っていた18年の間に荒川真澄の手引きによって東城会は解散し、神室町は近江連合に支配されたことを耳にする。

どうしても信じられない春日は荒川の真意を確かめるために神室町に向かい、近江連合の妨害をかいくぐって荒川の元に辿り着くが、そこで荒川に撃たれる。

なんとか意識を取り戻すも、目覚めた場所は伊勢崎異人町のホームレス街のゴミ捨て場だった。

ソニック、エミー、テイルスの3人はカオスエメラルドの反応を追って、スターフォール諸島に向かっていた。

島の上空に差し掛かったところで空に開いた時空の穴に吸い込まれ、電脳空間に誘われる。

仲間とはぐれたソニックは電脳空間から自力で脱出し、スターフォール諸島ではぐれた仲間を探すことになる。